過濾器裝置必須和樣品的化學性質*相容。一些過濾膜含有可能對一些應用造成干擾的無毒的潤濕劑。另一些濾膜可能結合蛋白質或其它大分子，從而導致過濾器過早堵塞或高價值樣品的損失。因此，了解樣品性質以及濾膜對與之接觸的溶液的潛在影響是非常重要的。
| | 醋酸纖維素CA | 尼龍NYLON | 聚醚砜PES | 混合纖維素MCE | 特氟龍PTFE |
| 蛋白結合 | 非常低 | 低至中 | 非常低 | 低 | 不適用 |
| DNA結合 | 非常低 | 非常低 | 非常低 | 低 | 不適用 |
| 耐化學性 | 低 | 中至高 | 低 | 非常高 | 非常高 |
聚醚砜(PES)
濾膜強烈推薦用于過濾細胞培養基。PES結合蛋白質的能力和可提取物含量都非常低。PES膜的流速也高于纖維素或尼龍膜。
醋酸纖維素酯膜(CA)
濾膜對多數大分子的結合親和力非常低，尤其適用于要求低蛋白結合作用的應用，例如含血清培養基的過濾。
尼龍膜(聚酰胺NYLON)
本質上是親水性的，推薦用于對可提取物含量要求非常低的應用，因為它們不含任何潤濕劑、清潔劑或表面活性劑。尼龍膜的耐化學性能較強，適于過濾腐蝕性較大的溶液，例如酒精和DMSO。
特氟龍（PEFE，聚四氟乙烯）
膜本質上并且永遠是疏水性的，適于過濾氣體，包括增濕的空氣。特氟龍膜的耐化學性佳，這使其非常適于過濾其它濾膜不能過濾的溶劑或其它腐蝕性化學品。由于其疏水性，特氟龍膜在過濾水性溶液以前必須用溶劑（例如乙醇）預先潤濕
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