培養皿的清潔一般經過浸泡、刷洗、浸酸、和清洗四個步驟。
1.浸泡:新的或用過的玻璃器皿要先用清水浸泡，軟化和溶解附著物。新玻璃器皿使用前得先用自來水簡單刷洗，然后用5%鹽酸浸泡過夜；用過的玻璃器皿往往附有大量蛋白質和油脂，干涸后不易刷洗掉，故用后應立即浸入清水中備刷洗。
2.刷洗:將浸泡后的玻璃器皿放到洗滌劑水中，用軟毛刷反復刷洗。不要留死角，并防止破壞器皿表面的光潔度。將刷洗干凈的玻璃器皿洗凈、晾干，備浸酸。
3.浸酸:浸酸是將上述器皿浸泡到清潔液中，又稱酸液，通過酸液的強氧化作用清除器皿表面的可能殘留物質。浸酸不應少于六小時，一般過夜或更長。放取器皿要小心。
4.沖洗:刷洗和浸酸后的器皿都必須用水充分沖洗，浸酸后器皿是否沖洗的干凈，直接影響到細胞培養的成敗。手工洗滌浸酸后的器皿，每件器皿至少要反復“注水－倒空”15次以上，用重蒸水浸洗2－3次，晾干或烘干后包裝備用。
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